Jednym z najtrudniejszych momentów odbudowy było rozwiązanie problemu, na czym oprzeć nową konstrukcję stropu kościoła. Stare mury, osłabione przez wieki i wcześniejsze wykopaliska archeologiczne nie były w stanie przejąć ciężaru żelbetu ani stali. Każda próba oparcia konstrukcji na ich koronie groziła zawaleniem.
Wtedy pojawił się pomysł, by wykorzystać to, co w Ślęży najtrwalsze – samą granitową skałę góry. Dr inż. Marek Kawa z Politechniki Wrocławskiej zaprojektował system ław fundamentowych, które wykuto i osadzono bezpośrednio w litej skale pod świątynią. To właśnie one stały się podstawą pod potężne słupy nośne, które miały dźwigać całą nową konstrukcję. W praktyce oznaczało to stworzenie zupełnie nowego „szkieletu” świątyni, uniezależnionego od murów.
